Pytanie:
Dlaczego nie weźmiemy losowej próby populacji, aby oszacować liczbę przypadków COVID-19?
Nikhil Murali
2020-03-25 21:57:56 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Aktualne statystyki dotyczące liczby przypadków zawsze będą o kilka dni opóźnione w stosunku do rzeczywistości ze względu na czas między infekcją a przystąpieniem do badania, bezobjawowe osoby itp. Ale dlaczego nie wziąć losowej próbki kilku tysięcy osób wszyscy, aby zobaczyć, ilu z nich ma wirusa? Czy to nie dałoby nam obrazu odsetka ludzi, którzy mają wirusa?

Szpitale w moim stanie mają jeszcze 3-dniowy zapas zestawów testowych i właśnie otrzymały powiadomienie, że kolejna spodziewana wysyłka będzie opóźniona.
Brak odpowiedzi w komentarzach.
Sześć odpowiedzi:
Fizz
2020-03-25 22:19:09 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Włochy mają 60 milionów ludzi i około 70 tysięcy (znanych) przypadków. To zaledwie 1 na 1000 rozpowszechnienia. W większości krajów to mniej niż to. Potrzebowałbyś więc dużej próbki do dobrego oszacowania. A te testy / zasoby są na razie lepiej wdrażane tam, gdzie są podejrzane przypadki.

I rozsądne czy nie, słyszałem to od kolegi i potwierdził to wiadomość, że stolica Rumunii, Bukareszt, planuje losowo przetestować próbkę 10500 osób, aby określić zasięg rozprzestrzeniania się wirusa.

Kierownik Instytutu Chorób Zakaźnych „Matei Bals” Adrian Streinu-Cercel ogłosił, że w Bukareszcie rozpocznie się pilotażowy projekt testowania 10500 osób na obecność nowego koronawirusa w ramach badań naukowych mających na celu wykrycie osób zakażonych wirusem SARS CoV-2, z chęci zapobieżenia w ten sposób ciężkim formom choroby.

Streinu-Cercel wspomniał, że dla populacji liczącej około 2 mln mieszkańców konieczne jest przebadanie 9 558 osób, przy czym do tej liczby zastosowano korektę w wysokości 10%. Stwierdził również, że po drodze można zmieniać rozmiar próbki. W tym zakresie Streinu-Cercel odniósł się do zaleceń Światowej Organizacji Zdrowia, która poprosiła o przeprowadzenie badań w celu wykrycia COVID 19. Kierownik Instytutu „Matei Bals” wykazał, że konieczne jest badanie personelu medycznego i pacjentów, ale także populacja, aby wiedzieć, czy „jest zdrowa, czy jest obecnie zarażona lub przeszła infekcję” tym wirusem, te trzy informacje całkowicie zmieniają podejście do tej pandemii w najbliższej przyszłości. [...]

Streinu-Cercel podkreślił, że w przypadku braku badań przesiewowych łagodne formy mogą pozostać niewykryte, powodując kolejne formy ciężkich zakażeń. Wspomniał też, że Minister Zdrowia zaaprobował ten projekt i podkreślił, że jest to badanie o „wartości naukowej”, a nie zwykłe badanie. Jednocześnie wspomniał, że w Bukareszcie jest 188 osób zdiagnozowanych pozytywnie.

Zwróć uwagę, że ~ 200 przypadków na 2 mln to 1:10 000.

Ha, ha , zabawniejsze jest to, że okazało się, że to „fałszywe wiadomości!” Ale tak naprawdę pouczające jest przeczytanie „wycofania / informacji”, dlaczego tak naprawdę nie wykonują takiego badania [oczywiście: niewystarczające możliwości testowe dla proponowanej próbki.]

Po menadżerze Instytut Chorób Zakaźnych „Matei Bals”, Adrian Streinu-Cercel i burmistrz Bukaresztu Gabriela Firea ogłosili w czwartek, że 10 514 osób z 5 różnych grup wiekowych w Bukareszcie zostanie przebadanych pod kątem nowego koronawirusa. Premier Ludovic Orban zareagował i powiedział, że nie jest to możliwe .

„Nie możemy losowo ustalić ludzi do przetestowania. Wybór 10 000 to tylko historie, istnieje lista priorytetów do testów, zależy to od rozwoju sytuacji i możliwości testowania ”- powiedział premier na konferencji w siedzibie Ministerstwa Zdrowia.

Orban powiedział, że personel medyczny i osoby objęte dochodzeniem epidemiologicznym kwalifikują się jako pierwsze do testów, dodając, że „Rumunia nie była gotowa, a możliwości testowania są ograniczone”.

Premier powiedział, że „możliwości testowania w Rumunii będą wzrośnie do 2000 w przyszłym tygodniu ”i będzie stopniowo wzrastać, ale aby wybrać 10 000 osób„ to tylko historie ”, tym bardziej liczba ofiar śmiertelnych jest niższa w Rumunii.

W starszych news Widzę, że Indie przeprowadziły losowy test na 500 swoich obywatelach. Raczej przewidywalnie, wszystkie wyszły negatywnie.

A jeśli chodzi o bardziej oficjalne zastrzeżenia tego samego rodzaju DW zgłosił 7 kwietnia...

Niemieckie centrum kontroli chorób, Instytut Roberta Kocha, skrytykowało niemieckie metody badań, narzekając na przykład, że testowano zbyt wiele osób bezobjawowych. RKI wezwał do zaprzestania tej praktyki, argumentując, że Niemcy mogą ryzykować wyczerpanie się testów . Dlatego obecnie nie zaleca się przeprowadzania testów osobom bezobjawowym.

Nawiasem mówiąc, jeśli chcesz się dowiedzieć, jaki jest odsetek przypadków bezobjawowych, istnieje kilka badań (aczkolwiek na dość ograniczonych populacje), które mogą mieć na to odpowiedź, np jeden na Diamond Princess (statek wycieczkowy poddany kwarantannie u wybrzeży Japonii):

[Ogólnie:] Nasz szacunkowy odsetek bezobjawowych wynosi 17,9% (95% CrI: 15,5–20,2%) , co pokrywa się z ostatnio uzyskanymi szacunkami 33,3% (95% przedział ufności: 8,3–58,3%) na podstawie danych obywateli Japonii ewakuowanych z Wuhan.

[Uwaga:] Biorąc pod uwagę, że większość pasażerów miała 60 lat lat i starszych, charakter rozkładu wieku może prowadzić do niedoszacowania, jeśli starsze osoby mają tendencję do odczuwania większej liczby objawów.

Z drugiego badania na Diamentowej Księżniczce, dobrze jest przeczytać strategię / kolejność testów:

Ogółem przeprowadzono 3063 testy PCR wśród [3711] pasażerów i członków załogi. Testy rozpoczęły się wśród starszych pasażerów, według wieku.

Ciekawym kontrapunktem dla punktu widzenia pracowników służby zdrowia jest to, że ekonomiści wydają się zdecydowanie zgadzać się co do potrzeby losowego testowanie (lub lepiej mówiąc, według niektórych komentarzy, które korygowały pytanie, testy reprezentatywne dla populacji) w celu skalibrowania długości blokady z ich perspektywy, ograniczenia „szkód ekonomicznych” spowodowanych przez same blokady.

Słyszałem wyznanie od włoskiej doktor płci żeńskiej w regionie, które dotknęło najgorsze wrażenie, że zbyt ufają kontaktom z kolegami bez osłon i masek, więc byli odpowiedzialni za zarażenie wszystkich pacjentów, którzy z kolei zarażali odwiedzających. Udowodniono, że w 1 z 3 testów użytkowania toalety znajdował się w powietrzu, z próbkami wirusów wykrytymi na łopatkach wentylatora sufitowego.
Głos odrzucony z powodu okrężnego rozumowania.
@Fizz „Włochy mają 60 milionów ludzi i około 70 tysięcy (znanych) przypadków. To zaledwie 1 na 1000 przypadków. W większości krajów jest to mniej niż to. Tak więc do dobrego oszacowania potrzebna byłaby duża próbka”. Zakłada to wynik losowego testowania, stąd rozumowanie koliste. Podstawowa logika.
@DrMcCleod: Twoje założenie „podstawowej logiki”, że test ujawnia prawdziwe wcześniejsze prawdopodobieństwo, jest niestety częstym błędem statystycznym. Zobacz http://journal.sjdm.org/12/12714/jdm12714.html i przeczytaj odpowiedź cbeleites tutaj.
@Fizz Nie twierdzę. Zwracam uwagę, że nie można argumentować za lub przeciw testom opartym na rozpowszechnieniu, ponieważ jest to rzecz, która jest testowana. Jedynym stwierdzeniem, jakie możesz powiedzieć, jest to, że * jeśli * częstość występowania wynosi x, to swoistość twojego testu musi wynosić co najmniej y.
@DrMcCleod: jedynym sposobem na uzyskanie takiego rodzaju testu, jaki chcesz, jest przetestowanie 100% populacji! Cokolwiek mniej jest próbką, a opracowanie odpowiedniej próbki wymaga założenia na temat (rozmieszczenia) choroby / infekcji, którą faktycznie chcesz wykryć! Nazywasz to „rozumowaniem okrężnym”, ale wszyscy inni nazywają to projektem badania.
@Fizz Wartość ufności testu wnioskujesz ze znajomości wielkości badanej populacji, dokładności testu i liczby pobranych próbek. To wszystko, czego potrzebujesz.
@DrMcCleod Musisz również znać częstość występowania, aby przeprowadzić analizę mocy dla wyniku binarnego. To wskazywałoby, że liczba osób, które należy pobrać próbkę, aby uzyskać rozsądne oszacowanie, wzrasta, gdy częstość występowania jest niska. Robisz to przed przeprowadzeniem badań, aby dowiedzieć się, czy jest to wykonalne. Dokładnie to argumentuje Fizz.
@BryanKrause: rzeczywiście. Jakie wnioski powinniśmy wyciągnąć z niewystarczającego badania Indii na 500 [losowych] osobach, z których żadna nie uzyskała wyniku pozytywnego? Nikt nie jest zarażony, więc blokady nie są potrzebne ?! Ćwiczenie dla DrMcCleod: oblicz wartość p dla badania Indii.
@Fizz nie, informuje o prawdopodobnej górnej granicy całkowitej liczby zakażonych osób.
cbeleites unhappy with SX
2020-03-26 06:13:27 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Czy to nie dałoby nam obrazu odsetka osób, które mają wirusa?

Tak, ale: w tej chwili prawdopodobnie nie jest to warte, gdy w większości Państwa.

  • Jak wyjaśnił Fizz, testów jest niewiele, więc musimy ich używać tam, gdzie wynik testu ma wpływ na leczenie i / lub powstrzymanie choroby / spowolnienie rozprzestrzeniania się.
  • Obecnie rozwój numerów przypadków Covid-19 jest dość dynamiczny w wielu krajach. Odsetek, który znajdziemy dzisiaj podczas testów, będzie nieaktualny, jeśli nie jutro, to do końca tygodnia.
  • Aby uzyskać dobre szacunki dotyczące niskiej częstości, musimy przebadać dużą liczbę osób i potrzebujemy testów, które mają zarówno wysoką czułość, jak i specyficzność. W tej chwili używane testy nie przeszły pełnej procedury walidacji (aby były dostępne jak najszybciej).

    Jedną z konsekwencji jest to, że chociaż możemy wiedzieć, że działają one wystarczająco dobrze, aby były przydatne do testowania pacjentów wysokiego ryzyka, np. w przypadku niektórych testów możemy wiedzieć, że czułość jest lepsza niż 94%, a swoistość lepsza niż 97%. Jeśli przetestujemy populację ogólną z częstością 1 na 1000 za pomocą testu o 97% swoistości, otrzymamy około 30 fałszywie dodatnich i 1 prawdziwie pozytywny (z 94% czułością). Innymi słowy, zamiast mierzyć częstość występowania zakażeń SARS-CoV-2 w populacji ogólnej, zmierzyliśmy 1 - swoistość testu. Niestety nie wiedzielibyśmy o tym.

Z reguły możemy zmierzyć częstości występowania, które są >> 1 - specyficzność testu. Więc jeśli spodziewamy się częstości 1: 1000, poprosilibyśmy o test, który ma swoistość co najmniej 99,95% (z tym uzyskalibyśmy 1,5 dodatniego wyniku na 1000). Aby wiedzieć, że test ma swoistość> 99,95%, musielibyśmy zweryfikować go na co najmniej 10000 prawdziwie negatywnych pacjentów, z których wszyscy musieliby zostać poprawnie rozpoznani. W tej chwili test mógł zostać zweryfikowany na 100 negatywnych próbkach. Jeśli chcesz przeczytać więcej informacji na ten temat, mam długie odpowiedzi na temat Jak dokładne są testy na koronawirusa? i Dlaczego osobom z objawami COVID-19 odmawia się testów w USA?


Próbki Sentinel

Chociaż w tej chwili nie mamy takiego schematu losowego pobierania próbek z populacji, mamy coś, co dotyczy tego kierunek tutaj w Niemczech: próbki z tak zwanych praktyk wartowniczych. Praktyki Sentinel to praktyki medyczne w całym kraju, które wysyłają próbki pacjentów do centralnego laboratorium, gdzie są one analizowane pod kątem wielu wirusów w ramach nadzoru nad grypą. Do testowanych wirusów zalicza się teraz również SARS-CoV-2.

Te próbki nie są losową próbką populacji, o którą prosisz:

  • są pobierane od pacjentów, którzy pojawiają się u lekarza z ostrą chorobą układu oddechowego,
  • i teraz, z dalszym systematycznym ograniczeniem, że są to pacjenci, o których nie uważano, że są szczególnie narażeni na ryzyko wystąpienia Covid-19 (są oni wysyłani do testu SARS-CoV-2).

W tygodniu 12 (16-22 marca) 3 ze 193 próbek wartowniczych, które były testowane pod kątem SARS-CoV-2, były pozytywne. To częstość występowania wynosząca 1,6%, 95% przedział ufności wynosi około 0,4 - 4% (innymi słowy, mamy rząd wielkości).

Nie mam informacji na temat specyfiki testu SARS-CoV-2 używanego do próbek wartowniczych, ale opublikowane dane mówią o dwóch tygodniach z 0 pozytywnym wśród 191 + 229 = 420 próbek, a jeśli weźmiemy je jako prawdziwie negatywne, swoistość byłaby lepsza niż 99%.


Spodziewam się, że badania zostaną przeprowadzone po zakończeniu pierwszej fali Covid-19 i po udostępnieniu odpowiednio zweryfikowanych testów przeciwciał. W przeciwieństwie do testów RNA obecnie (które badają aktywną infekcję), testy przeciwciał mogą powiedzieć, czy ktoś miał taką infekcję niedawno (prawdopodobnie tak niedawno, jak teraz), czy jakiś czas temu.

Wymagania dotyczące specyficzności są takie same, niezależnie od tego, czy testowane jest RNA czy przeciwciała.

Franck Dernoncourt
2020-03-26 20:02:47 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Dlaczego by nie wziąć losowej próbki kilku tysięcy osób i przetestować je wszystkie, aby sprawdzić, ilu z nich ma wirusa?

Islandia to zrobiła, zobacz https://english.alarabiya.net/en/features/2020/03/25/Coronavirus-Iceland-s-mass-testing-finds-half-of-carriers-show-no-symptoms :

Od niedzielnego wieczoru krajowe władze ds. zdrowia i firma biotechnologiczna deCode Genetics przebadały ponad 10 300 osób. To może nie brzmieć jak duża liczba w porównaniu z około 350 000 Amerykanów, którzy zostali przebadani pod kątem koronawirusa zgodnie z projektem śledzenia COVID, ale jest to znacznie wyższy odsetek testów na mieszkańca - wskaźnik według władz Islandii jest najwyższy w świata.

Jednak nie tylko liczba osób poddawanych testom jest niezwykła w podejściu Islandii.

W przeciwieństwie do innych krajów, gdzie ludzie są testowani tylko wtedy, gdy wykazują objawy koronawirusa lub miał kontakt ze znanymi rozprzestrzeniaczami, kraj testuje tysiące ludzi z ogólnej populacji, którzy nie wykazują żadnych objawów wirusa - pomagając w ujawnieniu informacji o naturze patogenu i jego objawach.

Zrobiono to również w mieście we Włoszech:

W badaniu COVID-19 Uniwersytet w Padwie, region Veneto i Czerwony Krzyż przetestowały populację Vò we Włoszech, 3300 osób, aby ustalić naturalną historię wirusa, transmisję dynamika jonów i kategorie ryzyka. „stwierdzili, że >50 osób, u których uzyskano pozytywny wynik, jest bezobjawowych”, mówi profesor Sergio Romagnani.

To samo pytanie zadano w sprawie polityki. SE: Czy przeprowadzono losowe badanie populacja dla COVID-19?


Referencje:

Głosowałem za twoją odpowiedzią, mimo że technicznie rzecz biorąc, nie odpowiada ona na pytanie * dlaczego * inne kraje tego nie robią i / lub jakie [teoretyczne] argumenty * przeciw * losowym testom dla Covid-19, które było faktycznym pytaniem.
JonathanReez
2020-04-06 10:37:19 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Dania zrobiła to niedawno i odkryła, że ​​ 2,7% Duńczyków mieszkających w regionie stołecznym ma już przeciwciała przeciwko tej chorobie. Nie jest to przypadek sam w sobie, ponieważ te próbki pochodzą od osób oddających krew, ale jak dotąd są tak dobre, jak to tylko możliwe.

Trzeba być może dodać, że na dzień dzisiejszy Dania ma oficjalnie 802 potwierdzonych przypadków na 1mln osób; co oznacza 0,08%, co jest rzeczywiście intrygujące. Ale artykuł stwierdza również, że * w regionie środkowej Danii krew od 244 dawców była badana między 2 a 3 kwietnia i nie znaleziono pozytywnych testów. * Co samo w sobie jest niezgodne z obecnością 2,7% przeciwciał, chyba że - i myślę, że to jest przyczyna - rozprzestrzenianie się jest niejednorodne i powinniśmy przeliczyć te liczby na region stołeczny.
ok - niemiecka wikipedia daje podział na 5 kwietnia; https://de.wikipedia.org/wiki/COVID-19-Pandemie_in_D%C3%A4nemark; częstość występowania potwierdzonych przypadków w regionie stołecznym wynosi 124 na 100 000, czyli 0,124%; nadal około 20 razy mniej niż częstość występowania (dawców krwi) z przeciwciałami.
dawcy krwi to zdrowa populacja i sami wybierani.
curiousdannii
2020-08-07 09:50:15 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Jedną z technik, która jest również testowana, jest testowanie ścieków / kanalizacji pod kątem RNA z wirusa SARS-CoV2. Nie pomoże ci to zidentyfikować, kto ma wirusa, ale może poinformować miasto, które wcześniej wyeliminowało wirusa, że ​​ktoś ponownie przyniósł wirusa.

Vladimir F
2020-04-15 19:17:52 UTC
view on stackexchange narkive permalink

To się robi. Republika Czeska przygotowuje obecnie takie badanie}, które ma się rozpocząć 20 kwietnia), aby ustalić liczbę bezobjawowych pacjentów i lepiej przewidzieć przyszłą ewolucję liczby zakażonych osób. Nieco starsze źródło w języku angielskim https://news.expats.cz/coronavirus-in-the-czech-republic/czech-covid-19-central-control-team-plans-blanket-testing-in-sample -of-prague-populacja / Znacznie bardziej aktualne informacje istnieją w języku czeskim https://www.seznamzpravy.cz/clanek/prazdniny-podle-prymuly-v-ceskem-hotelu-s-vylety-po -hradech-a-bez-festivalu-99893

"Testování vzorku 17 tisíc lidí v České republice na protilátky proti koronaviru začne v pondělí 20. dubna, do dalšího pondělí budeme znát výsledky." „Badanie próbki 17 tysięcy osób w Czechach pod kątem antygenów przeciwko koronawirusowi rozpocznie się w poniedziałek 20 kwietnia. Wyniki poznamy już w następny poniedziałek”.



To pytanie i odpowiedź zostało automatycznie przetłumaczone z języka angielskiego.Oryginalna treść jest dostępna na stackexchange, za co dziękujemy za licencję cc by-sa 4.0, w ramach której jest rozpowszechniana.
Loading...